お薦めの構造や、この構造だけは止めた方が良いと言う構造はありません。
大規模なビル等と違って住宅程度の規模の場合、それぞれの構造に、長年培われてきた技術や伝統工法があるからです。在来工法もツーバイ・フォーも鉄骨やコンクリート造も、それぞれに特徴があり、良い点と悪い点を持っています。
どの工法を選択するかは、地域の環境や予算・工事期間や好みと言った多分にパーソナルな事が、選択条件となると思います。
大切なのは、その施工能力と良い建物を造ろうとする前向きな姿勢ではないでしょうか？
また、どんなに建物が良く出来ていても、基礎に対する配慮を怠ってはいけません。
この点に気を付ければ、どの工法でも問題無いと思います。